Se você tem uma variável que vê como "explicativa" e a outra como a coisa que está sendo explicada, uma convenção (muito comum) é colocar a variável explicativa no eixo x e a coisa que está sendo explicada por ela no y- eixo.
Assim, por exemplo, você pode ver a relação entre alfabetização e mortalidade como potencialmente causal (e, portanto, claramente explicativa), pois uma maior alfabetização pode levar a uma menor mortalidade.
Nesse caso, seria comum colocar mortalidade no eixo y e alfabetização no eixo x.
Mas também é possível concebê-los de outra maneira (a alta mortalidade infantil pode afetar as taxas de alfabetização), ou não explicando o outro.
Em alguns casos, se uma variável é 'fixa' e a outra é 'aleatória', a convenção mais comum é que a aleatória tende a seguir o eixo y do gráfico.
Em algumas áreas, as convenções tendem a ser invertidas; isso é simplesmente o mais difundido.