Além da grande resposta de Tim, existem ainda dentro de um campo razões diferentes para intervalos de confiança específicos. Em um ensaio clínico para spray de cabelo, por exemplo, você gostaria de estar muito confiante de que seu tratamento provavelmente não mataria ninguém, digamos 99,99%, mas você ficaria perfeitamente bem com um intervalo de confiança de 75% de que o spray de cabelo faz o cabelo ficar em linha reta.
Em geral, os intervalos de confiança devem ser usados de tal maneira que você se sinta confortável com a incerteza, mas também não seja tão rigoroso que reduza o poder do seu estudo em irrelevância. Um intervalo de confiança de 90% significa que, ao repetir a amostragem, você esperaria que uma vez em dez intervalos gerados não incluísse o valor verdadeiro. Com base no que você está pesquisando, isso é aceitável? Por outro lado, se você preferir um intervalo de confiança de 99%, o tamanho da amostra é suficiente para que o intervalo não seja inutilmente grande? (Espero que você esteja decidindo o nível do IC antes de fazer o estudo, certo?)
Na minha experiência (nas ciências sociais) e no que vi da minha esposa (nas ciências biológicas), embora existam padrões de IC / significado em vários campos e vários casos específicos, não é incomum a maioria do debate sobre um tópico é se você define adequadamente o intervalo de IC ou o nível de significância. Estive em reuniões em que um estatístico explicou pacientemente a um cliente que, embora eles gostem de um intervalo de confiança de 99% nos dois lados, para que seus dados mostrem alguma importância, eles teriam que aumentar sua amostra em dez vezes; e participei de reuniões nas quais os clientes perguntam por que nenhum dos dados mostra uma diferença significativa, onde pacientemente explicamos a eles que eles escolheram um intervalo alto - ou, ao contrário, tudo é significativo porque um intervalo inferior foi solicitado.
O que eu sugiro é ler alguns dos principais artigos em seu campo (o mais próximo possível do seu tópico específico) e ver o que eles usam; combine isso com seu nível de conforto e tamanho da amostra; e esteja preparado para defender o que você escolher com essas informações em mãos. A menos que você esteja em um campo com regras muito estritas - os ensaios clínicos, eu suspeito, são os únicos realmente rigorosos, pelo menos pelo que eu vi - você não terá nada melhor. (E se houver regras rígidas, eu esperaria que os principais jornais de sua área o seguissem!)