Respondendo com aforismo, acredito que o desenho do seu estudo será bem-sucedido assim que ele realmente existir em sua forma completa. O jogo de rever como é jogado na academia é principalmente um jogo de acadêmicos mostrando uns aos outros que eles não concluíram essa etapa em sua profundidade total, por exemplo, violando suposições ou omitindo vieses onde deveriam ser esperados. Se o design do estudo é uma habilidade, é a habilidade de tornar sua pesquisa à prova de balas para esses críticos.
Sua pergunta é muito interessante, mas receio que não haja uma resposta curta. Que eu saiba, a única maneira de aprender minuciosamente sobre projetos de pesquisa, seja experimental ou observacional, é ler a literatura em seu campo de especialização e, em seguida, percorrer a milha extra conectando-se a acadêmicos para aprender ainda mais sobre como eles funcionam, para, eventualmente, escrever seu próprio projeto de pesquisa.
No meu campo (ciência política europeia), oferecemos genericamente cursos de "design de pesquisa" que abrangem todos os tipos de estudos, mas mesmo assim perdemos tendências importantes e também não temos uma compreensão profunda de nossos métodos. Depois de fazer pelo menos três desses cursos, fiquei convencido de que nenhum recurso acadêmico pode substituir o aprendizado de outros acadêmicos antes de confrontar diretamente as configurações do mundo real.
Eu acho que o seu campo também possui esses 'diários de métodos' que podem ser tão chatos e complexos para o estrangeiro, quanto úteis e interessantes para os 'designers de estudos' reais - e, portanto, recomendaria que você comece a cavar essa literatura primeiro, eventualmente rastrear os itens bibliográficos recorrentes que podem ajudá-lo mais no design de estudos em biologia / ecologia. O Google Scholar definitivamente sinaliza alguns livros com as palavras 'métodos de pesquisa em ecologia'.