Eles são assintoticamente iguais. São apenas maneiras diferentes de obter a mesma idéia. Mais especificamente, o teste qui-quadrado de Pearson é um teste de pontuação, enquanto o teste G é um teste de razão de verossimilhança. Para entender melhor essas idéias, pode ser útil ler minha resposta aqui: Por que meus valores p diferem entre a saída da regressão logística, o teste do qui-quadrado e o intervalo de confiança para a sala de cirurgia? Para responder sua pergunta direta, se você estiver computando o valor-p pela simulação de Monte Carlo, isso não deve importar; você pode usar o que for mais conveniente para você. Observe que não há problema com baixa contagem de células, apenas (potencialmente) baixa expectativacontagem de células; é possível ter contagens baixas de células e ter contagens esperadas que são boas. Além disso, nem a baixa contagem real nem a baixa contagem esperada são importantes quando o valor-p é determinado por simulação.
(Pelo que vale a pena, eu provavelmente usaria o qui-quadrado de Pearson, porque R tem uma função conveniente para aquilo que inclui a opção de simular o valor-p.)