Respostas:
OMI, Protovis é o melhor e está muito bem documentado e suportado. É a base do meu pacote webvis R.
Estes também são muito bons, embora tenham mais uma curva de aprendizado:
O RaphaelJS pode fazer algumas coisas incríveis e recebeu um grande apoio do Sencha (anteriormente ExtJS). O Raphael é bastante inteligente em navegadores usando um back-end VML para Internet Explorer e SVG para todo o resto. No entanto, a biblioteca é de nível bastante baixo. Felizmente, o autor iniciou outro projeto, o gRaphael , que se concentra no desenho de tabelas e gráficos.
O Projeto MIT SIMILE também possui algumas bibliotecas JavaScript interessantes:
Há também um projeto para portar Processing para JavaScript: ProcessingJS
O Jmol é um applet Java para visualização de estruturas químicas, mas é usado como o mecanismo de exibição de gráficos 3D no sistema SAGE , que possui uma GUI completamente baseada em navegador.
E para uma alternativa de código aberto ao Google Maps, existe a excelente biblioteca JavaScript OpenLayers, que alimenta a interface do igualmente excelente OpenStreetMap .
Há centenas deles. Aqui está uma revisão útil de cerca de vinte deles: http://bigdata-madesimple.com/review-of-20-best-big-data-visualization-tools/