Vou citar as perguntas frequentes do site t-SNE . Primeiro pela perplexidade:
Como devo definir a perplexidade no t-SNE?
O desempenho do t-SNE é bastante robusto sob diferentes configurações da perplexidade. O valor mais apropriado depende da densidade dos seus dados. Em termos gerais, pode-se dizer que um conjunto de dados maior / mais denso requer uma maior perplexidade. Os valores típicos para a perplexidade variam entre 5 e 50.
Para todos os outros parâmetros, eu consideraria ler isto:
Como posso avaliar a qualidade das visualizações que o t-SNE construiu?
De preferência, basta olhar para eles! Observe que t-SNE não retém distâncias, mas probabilidades, portanto, medir algum erro entre as distâncias euclidianas em D alto e D baixo é inútil. No entanto, se você usar os mesmos dados e perplexidade, poderá comparar as divergências de Kullback-Leibler relatadas pelo t-SNE. É perfeitamente adequado executar o t-SNE dez vezes e selecionar a solução com a menor divergência de KL.
Em outras palavras, significa: veja o gráfico, se a visualização for boa, não altere os parâmetros. Você também pode escolher a corrida com a menor divergência de KL para cada perplexidade fixa.