Se todas as "distâncias verdadeiras" forem 0, os valores-p seguirão uma distribuição uniforme e seriam apenas distâncias aleatórias e incorretas.
Se as distâncias reais não forem 0, você ainda terá problemas de dimensionamento nos quais uma estatística de teste pode ser mais significativa. Os valores de p de 0,9 e 0,6 não são muito diferentes na interpretação, enquanto os valores de p de 0,06 e 0,01 são muito diferentes na interpretação, mas os algoritmos mds colocariam mais distância entre o primeiro do que o posterior. Você também deve considerar a potência, pode ter dois grupos com uma distância muito pequena entre eles, mas com amostras grandes para obter um valor p pequeno; depois outro par com uma grande diferença entre eles, mas devido ao pequeno tamanho da amostra (baixa potência), você obtém um valor p maior.