Você precisará especificar com precisão o que você quer dizer com "diferente". Você também precisará especificar quais suposições você deseja fazer sobre a estrutura de correlação serial dentro de cada série temporal.
Com os testes t, você está comparando a média de cada grupo e assumindo que os grupos consistem em observações independentes com variações iguais (o último às vezes é relaxado). Ao testar séries temporais, a suposição de independência geralmente não é razoável, mas é necessário substituí-la por uma estrutura de correlação especificada - por exemplo, você pode assumir que a série cronológica segue os processos AR (1) com igual autocorrelação. Consequentemente, até comparar as médias de duas ou mais séries temporais é consideravelmente mais difícil do que com dados independentes.
Eu especificava cuidadosamente quais suposições eu estava disposto a fazer sobre cada série temporal e o que eu queria comparar e, em seguida, usava um bootstrap paramétrico (baseado no modelo assumido) para realizar o teste.