Parece-me que uma coisa me lembro de Tufte mencionando, que não está nas outras respostas, é o mapeamento - isto é, posição, direção, tamanho etc. no seu gráfico representam a realidade . O que está no gráfico deve estar no mundo real. O que é grande deve ser grande (tendo em mente que as áreas devem representar áreas e volumes de volumes. Nunca tente representar um valor escalar por uma área, é altamente ambíguo!). Isso também se aplica a cores, formas, etc., se forem relevantes.
Um exemplo interessante é o gráfico "saia da série" aqui:
http://a-little-book-of-r-for-time-series.readthedocs.org/en/latest/src/timeseries.html . Embora tecnicamente esteja correto e um comprimento de saia "mais alto" ocupe uma posição mais alta no gráfico, na verdade é bastante confuso, porque o comprimento da saia começa do topo e desce (ao contrário dos humanos ou das árvores, onde medimos a altura do chão). Portanto, o aumento do comprimento da saia na verdade representa um valor mais baixo :
skirts <- scan("http://robjhyndman.com/tsdldata/roberts/skirts.dat",skip=5)
skirtsseries <- ts(skirts,start=c(1866))
plot.ts(skirtsseries, ylim=c(max(skirts),min(skirts)))
Como sempre, existem dificuldades. Por exemplo, geralmente consideramos o tempo para avançar e, no oeste, pelo menos, lemos da esquerda para a direita, portanto nossos gráficos de séries temporais também costumam fluir da esquerda para a direita à medida que o tempo aumenta. Então, o que acontece se você deseja representar algo que é melhor representado lateralmente (por exemplo, medidas leste-oeste de algo) ao longo do tempo? Nesse caso, você precisa comprometer e retratar o tempo subindo ou descendo (que depende novamente das percepções culturais, eu acho), ou optar por mapear sua variável lateral para cima / baixo no gráfico.