Respondendo, mesmo que essa pergunta seja bastante antiga.
A maior ressalva é que você não pode usar uma medida de RR em um estudo de caso-controle, porque não pode ser calculado. Se você tiver os dados para comparar entre eles, não há razão para não fazê-lo - as diferenças entre as duas medidas geralmente podem gerar alguma percepção.
Observe, no entanto, que em circunstâncias de doenças altamente prevalentes (~> 10%), a sala de cirurgia não se aproxima muito bem da RR. Como o que a maioria dos estudos procura é um RR ou algo que o aproxime em circunstâncias especiais (OR, IDR, etc.), se não for de esperar que o OR se aproxime de perto do RR, seria melhor usar algo que vai.
De um modo geral, o OR é uma medida de conveniência para permitir o desenho do estudo de caso-controle e porque os modelos de regressão binomial geralmente apresentam problemas de convergência.