Teste Qui-quadrado com 0 valores esperados

Minha tabela de contingência:

         heterozygous homozygous.minor homozygous.major
observed    2                 0               3
expected    0                 0               5

A população esperada é composta apenas pelo genótipo AA, mas na população observada observamos 2 genótipos AB. Para calcular o Chi-sq para isso, eu ignoraria os dois casos em que o esperado = 0? Então eu faria:

$(3-5)^2/5=0.8$

chi-squared

— crysis405
fonte

Se o esperado é realmente zero e o observado não é zero, o valor do qui-quadrado seria infinito. É assim que deve ser: você está observando algo que, de acordo com o modelo, é impossível, por isso deve rejeitar automaticamente. Talvez você deva dizer mais sobre como os valores esperados foram obtidos.

— Glen_b -Reinstate Monica

Se seria infinito ou 1,6 depende se os valores esperados são 0 porque são impossíveis ou por algum outro motivo. Eu concordo com sua última frase.

— Peter Flom

@ PeterFlom Eu estava me referindo à célula mais à esquerda, que tem uma contribuição para uma estatística de .

χ^{2}

$\chi^2$

(2 - 0)^{2} / 0 = 4 / 0

$(2-0)^2/0 = 4/0$

— Glen_b -Reinstala Monica 30/11

O ponto crucial aqui permanece como as frequências esperadas foram calculadas. Caso contrário, todas as evidências indicam que algo supostamente impossível aconteceu. Há uma opção de como relatar isso: você pode dizer que a hipótese deve ser rejeitada ou dizer que o teste simplesmente não é aplicável, o que talvez seja mais provável.

— Nick Cox

Sim, vocês estão certos. Os dois heterozigotos são erros mendelianos, o que torna impossível.

— crysis405

Você apenas ignoraria os 0s se houver algum motivo (não estatístico) para fazê-lo; mas incluí-lo apenas mudaria os graus de liberdade, já que (0-0) é, obviamente, 0. No entanto, não tenho certeza de que você queira qui-quadrado aqui. Depende do motivo pelo qual você espera apenas o genótipo AA.

Se você não quer qui-quadrado, seria

$\frac{(2-0)^2}{0} + \frac{(3-5)^2}{5} = \infty$

— Peter Flom
fonte

A aproximação do ChiSquare não é válida quando a contagem de células é pequena. Tente um teste exato de Fisher, usando uma distribuição de probabilidade multinomial.

Wiki: https://en.wikipedia.org/wiki/Fisher%27s_exact_test

— RL Rogers
fonte