Tal,
De um modo geral, a poda prejudicará o desempenho das árvores ensacadas.
Árvores são classificadores instáveis; significando que se você perturbar um pouco os dados, a árvore poderá mudar significativamente. São modelos de baixa tendência, mas de alta variação. A ensacagem geralmente funciona "replicando" o modelo para reduzir a variação (o antigo truque "aumentar o tamanho da amostra").
No entanto, se você terminar com a média de modelos muito semelhantes, não ganhará muito. Se as árvores não forem podadas, elas tendem a ser mais diferentes uma da outra do que se fossem podadas. Isso tem o efeito de "correlelacionar" as árvores para que você calcule a média das árvores que não são muito semelhantes. Esse também é o motivo pelo qual as florestas aleatórias adicionam o ajuste adicional da seleção do preditor aleatório. Isso força as árvores a serem muito diferentes.
O uso de árvores não podadas aumentará o risco de sobreaquecimento, mas o modelo calcula a média mais do que compensa isso (de modo geral).
HTH,
Máx.