Não vejo razão para acreditar que você fez algo errado apenas porque o teste foi significativo, mesmo que a diferença média seja muito pequena. Em um teste t emparelhado, o significado será conduzido por três coisas:
- a magnitude da diferença média
- a quantidade de dados que você tem
- o desvio padrão das diferenças
É certo que sua diferença média é muito, muito pequena. Por outro lado, você possui uma quantidade razoável de dados (N = 335). O último fator é o desvio padrão das diferenças. Não sei o que é isso, mas como você obteve um resultado significativo, é seguro assumir que ele é pequeno o suficiente para superar a pequena diferença média com a quantidade de dados que você possui. Para criar uma intuição, imagine que a diferença pareada para cada observação em seu estudo fosse 0,00017; o desvio padrão das diferenças seria 0. Certamente, seria razoável concluir que o tratamento levou a uma redução (embora um pequeno).
Como o @whuber observa nos comentários abaixo, vale ressaltar que, embora 0,00017 pareça um número muito pequeno, mas não necessariamente pequeno em termos significativos. Para saber disso, precisaríamos saber várias coisas, primeiro quais são as unidades. Se as unidades forem muito grandes (por exemplo, anos, quilômetros etc.), o que parecer pequeno poderá ser significativamente grande, enquanto que se as unidades forem pequenas (por exemplo, segundos, centímetros etc.), essa diferença parecerá ainda menor. Segundo, mesmo uma pequena mudança pode ser importante: imagine algum tipo de tratamento (por exemplo, vacina) muito barato, fácil de administrar a toda a população e sem efeitos colaterais. Pode valer a pena, mesmo que tenha salvado apenas algumas vidas.