Disclaimer: A opinião pessoal altamente subjetiva segue ...
Para teoria e aplicações, não posso recomendar modelos e extensões lineares generalizadas de Hardin e Hilbe muito. Ele usa o SPSS Stata, (ambos) dos quais eu nunca uso e que não conheço nada, mas abrange a teoria e possui um conjunto muito rico de exemplos. Se eu tivesse que escolher um livro para começar, seria este.
Um livro mais focado na teoria é Generalized, Linear, and Mixed Models por McCulloch, Searle e Neuhaus. Isso tem menos exemplos do que Hardin e Hilbe, mas entra ainda mais em efeitos aleatórios para o modelo linear e o GLM. Este é o meu livro favorito do GLM, porque ele conecta muitas coisas, mas se você não tem interesse em efeitos aleatórios, pode ser um exagero.
O que eu chamaria de referência canônica para GLMs é Generalized Linear Models de McCullagh e Nelder. É um título um pouco mais antigo, mas eu gostei muito.
Modelos lineares generalizados com aplicações em engenharia e ciências de Myers, Montgomery, Vining e Robinson passam um pouco mais de tempo nos GLMs binários / poisson e também têm exemplos interessantes. A nova edição tem exemplos em alguns idiomas, incluindo R.
Eu peguei Faraway's Extending the Linear Model com R: Modelos Generalizados de Linear, Efeitos Mistos e Regressão Não Paramétrica há um tempo atrás, e tem sido muito útil para me ajudar a fazer as coisas em R, embora não seja um bom livro "ensine a si mesmo GLM". Mas pode ser um bom companheiro para alguns dos outros livros por aí.