Respostas:
Você pode usar o Zamar ( http://zamzar.com/ ), que está online, ou o Any Video Converter ( http://www.any-video-converter.com/products/for_video_free/ ).
Eu usei o Any Video Converter e funciona bem. Ele contém componentes do FFMpeg e MPlayer em uma interface muito agradável e fácil de usar. Você pode baixá-lo aqui: http://www.download.com/Any-Video-Converter/3000-2194_4-10661456.html
O Mediacoder é um bom programa para converter quase tudo com uma interface gráfica intuitiva e agradável.
Use o conversor FLV . Possui versões padrão e portáteis, e é freeware.