Uma solução rápida que faço é compensar o papel e a impressão de baixa qualidade, ajustando o 'ponto branco' e o 'ponto preto', aumentando efetivamente o contraste tonal geral da imagem.
Olhando para o seu primeiro exemplo, as partes mais claras da imagem - papel não impresso - são na verdade um cinza claro e a mais escura - tinta 'preta' - um cinza médio. E há "manchas" nas áreas mais claras causadas pela textura do papel. Aceita-se isso ao visualizar o original em papel, mas não ao visualizá-lo na tela ou quando reproduzido em impressão de qualidade superior.
No Photoshop (desculpe, não estou familiarizado com o Gimp, mas tenho certeza de que é um processo semelhante), adiciono uma camada de ajuste de Níveis para evitar alterar os valores originais dos pixels e depois uso os controles deslizantes de ponto branco e ponto preto para "recortar" os pontos mais claros e escuros da imagem para branco e preto puro. Existem ferramentas conta-gotas na caixa de diálogo para definir esses pontos amostrando a partir da imagem, mas é mais fácil ajustar os controles deslizantes manualmente.
Dependendo do contexto, posso adicionar a cor do papel como uma camada subjacente cinza muito clara e definir o modo de mesclagem da camada de digitalização como "Multiplicar". Isso é essencial se o original for impresso em papel colorido, como o Financial Times .