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Pergunta, questão:
O que significa tamanho de um diretório na saída do comando 'ls -l'?
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Esse é o tamanho do espaço no disco usado para armazenar as metainformações do diretório (ou seja, a tabela de arquivos que pertencem a esse diretório). Se for 1024, significa 1024 bytes no disco (sempre aloca blocos completos) para esse fim.
Considere também que, quando você remove um arquivo de um diretório, apenas seu conteúdo desaparece. O nó permanece na estrutura de diretórios , sendo marcado apenas como livre.
rmdir DIR; mkdir DIR
e, em seguida, verá o tamanho padrão de 4KB, não antes.