Um link simbólico nada mais é do que um caminho envolvido em uma quantidade muito pequena de mágica do sistema de arquivos. Existem várias maneiras de se tornar inválido ("quebrado"), a maioria das quais envolve um ou mais arquivos ou diretórios sendo renomeados. Como o Windows é um software de consumo, você pode ter um grande número de programas mal projetados em execução em uma instalação "típica". Como resultado, esse tipo de falha é muito mais difícil de evitar do que em um servidor em que (em teoria) todo programa que toca o disco é uma quantidade conhecida.
Os atalhos são imunes à maioria das formas de quebra, pois rastreiam seus alvos independentemente do caminho. Isso os torna mais fáceis de usar. Eles são projetados especificamente para os consumidores, com uma abordagem "apenas faça o que eu quero dizer e não me incomode com os detalhes".
Agora, você pode usar links físicos para isso (até certo ponto), mas os links físicos possuem várias propriedades complicadas que os tornam inadequados para uso do consumidor. Em particular, os arquivos obtêm novos números de inode com muita facilidade e alguns softwares de backup são espetaculares quando confrontados com links físicos. O primeiro poderia (talvez) ser resolvido com o tunelamento do sistema de arquivos (que é, de fato, como os atalhos resolvem um problema relacionado), mas o segundo é um problema muito mais difícil.
(Eu provavelmente também devo observar que "resolver" os links físicos com tunelamento é decididamente não trivial, pois não se trata apenas de anexar novamente os metadados "perdidos". Os inodes são vinculados ao esquema de alocação de disco, portanto você não pode mesclar arbitrariamente ou reatribua-os após o fato sem muito trabalho. Como os atalhos usam outros metadados que podem ser facilmente encapsulados, como o horário da criação, eles não têm esse problema.)