Isso ocorre devido a uma limitação no sistema de arquivos FAT32 e não no uTorrent. Para corrigir isso, você pode simplesmente converter seu sistema de arquivos existente em NTFS através da convert
ferramenta de linha de comando da seguinte forma:
convert c: /FS:NTFS
Realmente não vejo nenhuma desvantagem que isso possa lhe trazer, apenas vantagens, muitas delas.
Com o FAT32, o tamanho máximo do arquivo é limitado a apenas 4 GB. Com o NTFS, você está limitado a 16 TiB; teoricamente, ele poderia suportar 16 EiB, mas isso é uma restrição à implementação.
Você pode encontrar um bom gráfico de comparação de vários sistemas de arquivos aqui .