Esses arquivos e diretórios são criados por vários aplicativos:
.DS_Store - Criado pelo Finder quando você abre um diretório. Ele armazena informações sobre a pasta (opções de exibição, posições de ícones, etc.).
.fseventsd - criado pelo daemon fseventsd. Ele contém dados sobre eventos do sistema de arquivos, como modificações, exclusão, criação, etc.
.Spotlight-V100 - armazena informações de indexação para o spotlight na forma de metadados.
.Trashes - Uma pasta contendo arquivos que foram enviados para a lixeira, mas ainda não foram excluídos do volume.
Para impedir que todos sejam criados, você deve modificar o comportamento de cada aplicativo individualmente. Isso inclui adicionar uma exceção ao Spotlight, desativar o recurso de cache do Finder (se possível), alterar o daemon fseventsd e assim por diante. Não tenho certeza se é possível adicionar exclusões ou desativar todos esses recursos. Se você não precisar gravar no disco, basta montá-lo como somente leitura para facilitar as coisas.