Embora os HDDs sejam endereçáveis pelo LBA há décadas , a Microsoft ainda usa o CHS para coisas estúpidas no MBR, mesmo nas versões mais recentes do Windows. É por isso que alterar a tradução do CHS de qualquer maneira leva a um Windows não inicializado. Ou por que às vezes o particionamento fica completamente distorcido se você particiona no Linux e depois muda uma partição no Windows.
Portanto, quando o Windows cria partições, ele ainda tenta se alinhar para rastrear os limites. Especialmente no final do disco. O que não é apenas culpa da Microsoft, porque existem alguns BIOS antigos que restringiriam o acesso a trilhas CHS incompletas no final ou até mesmo teriam uma saída individual no contador de trilhas. Ainda assim, eles deveriam ter desaparecido há muito tempo, e geralmente funciona bem se você particionar com o Linux e não tocar no particionamento no Windows.
tl; dr: razões herdadas.