Bem, não é como se a Microsoft desativasse deliberadamente o suporte do Noto Emoji. Mais simplesmente, simplesmente não suporta o formato que o Noto usa.
Embora quase todas as fontes com as quais você lida sejam baseadas no OpenType, existem várias extensões de fontes de cores diferentes no OpenType - o Segoe UI Emoji usa o próprio formato da Microsoft (desenhos vetoriais em camadas no COLR / CPAL), enquanto o Noto Emoji Color usa as próprias do Google (imagens de bitmap em CBDT / CBLC). Há também o formato "SVG" da Adobe e "sbix" da Apple.
O Noto é originalmente desenhado no formato SVG, por isso inclui a tabela "SVG" da Adobe juntamente com os bitmaps do Google, porque isso é bastante simples. Mas o formato em camadas da Microsoft é bem diferente, então não tenho certeza se a conversão automática seria fácil ou até possível.
Consulte também a edição # 43 "NotoColorEmoji.ttf não é uma fonte válida no Windows" no GitHub para obter uma explicação mais detalhada.
Há um tempo, costumava haver um "Adobe Type Manager" adicionando suporte para fontes do Tipo 1, quando o Windows suportava apenas o TrueType. Mas eu não ouvi nada que pudesse adicionar suporte a diferentes tipos de fontes emoji ...
Talvez você goste do novo Segoe Emoji que o Build 14316 traz?
Atualização: a Microsoft diz que a atualização de "Aniversário" de 2016 finalmente suporta todos os formatos acima.