Respostas:
Esse problema é causado pela extensão do gnomo "Posicionamento da janela nativa". Eu acho que isso é um bug.
Você pode desativá-lo com as seguintes etapas:
Talvez você possa registrar um relatório de bug para corrigir isso.
ATUALIZAÇÃO: Parece que isso já foi corrigido, talvez ainda não esteja distribuído na 16.04: https://bugzilla.gnome.org/show_bug.cgi?id=758976
Quick Hack : você pode corrigir o problema com as seguintes etapas
sudo gedit /usr/share/gnome-shell/extensions/native-window-placement@gnome-shell-extensions.gcampax.github.com/extension.js
E inserindo na linha 413:
this._parentActor.set_child_above_sibling(title, border);
Salvar && logout && login