Adicione a seguinte linha ao ~/.tmux.conf
set -g terminal-overrides "xterm*:kLFT5=\eOD:kRIT5=\eOC:kUP5=\eOA:kDN5=\eOB:smkx@:rmkx@"
Fonte: https://stuff.mit.edu/afs/athena/project/bsd/src/tmux-1.3/FAQ
As teclas Ctrl e seta não funcionam com massa! O que eu faço?
putty inverte o sentido do modo da tecla cursor no ctrl, o que é um pouco difícil para o tmux detectar corretamente. Para acertar as teclas ctrl, altere as configurações de terminfo para que kUP5 (Ctrl-Up etc) sejam as versões ajustadas e desative smkx / rmkx para que o tmux não mude o modo. Por exemplo, com esta linha em .tmux.conf (assumindo que você tenha TERM definido como xterm):
configure -g substituições de terminal "xterm *: kLFT5 = \ eOD: kRIT5 = \ eOC: kUP5 = \ eOA: kDN5 = \ eOB: smkx @: rmkx @"
Observe que isso funcionará apenas no tmux 1.2 e acima.