Eu só queria salientar que o comentário deste usuário resolveu o meu problema e eu gostaria de dar um exemplo de como o meu parecia e o que eu mudei.
https://superuser.com/a/850494/687849
A parte inferior do meu arquivo C: \ Windows \ System32 \ inetsrv \ config \ applicationHost.config tinha várias entradas para o que parecia ser a pasta principal e, em seguida, novamente para cada pasta individual. Ao tentar navegar para essas pastas eu teria 550 Não é possível criar um arquivo quando esse arquivo já existe.
Na parte inferior do arquivo ruim, havia uma entrada para ...
caminho de localização = "Site padrão"
e, em seguida, entradas adicionais sob este para ...
caminho do local = "Site padrão / FAKEFOLDERNAME"
Depois que eu removi as entradas para essas subpastas adicionais, tudo funcionou bem.
De alguma forma, apliquei as permissões incorretamente no IIS e não consegui refazê-las na GUI.