Esta questão já tem uma resposta aqui:
Alguns aplicativos substituem constantemente uma chave de registro específica que me interessa manter inalterada. Existe uma maneira de rastrear qual aplicativo é?
A melhor resposta daqui https://stackoverflow.com/questions/144468/tracking-changes-in-windows-registry cobre o caso quando a aplicação é conhecida. Meu problema é que eu sei as mudanças, mas eu não sei o aplicativo (um problema oposto).