TL; DR Tape sobre ele.
Independentemente de ser uma boa ideia ou não *, a maneira mais fácil de 'desativar' o LED provavelmente abrirá a caixa do laptop e desconecte o cabo de fita do LED. Salvo essa possibilidade, a próxima solução mais prática seria colocar fita (ou um adesivo esteticamente agradável) sobre o LED.
Embora possa ser teoricamente possível modificar o firmware do chip em algum lugar da placa-mãe para desativar o LED, não haverá uma maneira fácil de fazê-lo em uma configuração de software expressamente porque os engenheiros que projetam computadores, por várias razões * acreditam que isso é um péssima ideia.
* Consulte, por exemplo, http://forum.notebookreview.com/threads/how-to-disable-the-hard-drive-led-through-windows.239562/page-2#post-3236374