Alguns aplicativos do Windows em execução no Wine ou nos front-ends do Wine, como PlayOnLinux ou Crossover, deixam o explorer.exe e outros executáveis do Windows abertos após serem fechados. Tente executar alguns de seus aplicativos Wine um por um e verifique o htop for explorer.exe depois de fechá-los.
Ou execute este comando no terminal:
ps -aux | grep "explorer.exe\|services.exe"
Os dois processos do Windows em sua pergunta estão em execução há mais de 8 horas. Possivelmente eles estão rodando desde que o Ubuntu foi inicializado. Mate os PIDs do explorer.exe e services.exe e verifique se esses dois processos retornam posteriormente. Para eliminar os PIDs do explorer.exe e services.exe no exemplo da sua pergunta, use este comando:
kill 3413 3110
Os resultados da execução do comando acima mostraram que os dois processos do Windows estão em execução desde a inicialização. Abra o aplicativo interno de aplicativos de inicialização, que mostra uma lista de todos os programas de inicialização adicionais em seu sistema operacional.
Os aplicativos de inicialização mostraram apenas um programa de inicialização normal do Ubuntu na lista de programas de inicialização adicionais. Execute o comando a seguir logo após a próxima vez que você iniciar o Ubuntu para mostrar qual processo bifurcou o que, para que você possa ter uma idéia melhor de qual processo está chamando seus dois processos do Windows.
ps auxf