O USB 3.1 Gen 2 (SuperSpeed +, 10 Gbps) foi projetado para funcionar com os cabos USB 3.0 existentes (aqueles com os 5 contatos extras), bem como com os cabos USB Tipo C.
Como os cabos USB 3.0 existentes (aqueles com conectores Tipo A e B, bem como as variantes micro A e B) contêm apenas um par de pares de super velocidade (par Tx e par Rx), o USB 3.1 Gen 2 poderia apenas use esse par de pares e ainda trabalhe com os cabos USB 3.0 existentes. Portanto, mesmo quando você executa o USB 3.1 Gen 2 em um cabo com conectores Tipo C, ele usa apenas um par de pares super-rápidos. Isso também possibilita a instalação de cabos compatíveis com USB 3.0 / 3.1 com um conector Tipo C em uma extremidade e os conectores Tipo A, B, micro A ou micro B anteriores ao estilo USB 3.0 na outra extremidade.
Agora você pode fazer uma pergunta posterior: "Por que o Fórum de Implementadores USB (USB-IF, o consórcio de padrões USB) definiu um sabor ainda mais rápido que 10 Gbps do protocolo USB, que usa ambas as super-velocidades pares de pares no conector Tipo C? " Essa é uma pergunta válida, mas não estou disposto a especular. Certamente teria sido um afastamento maior dos projetos USB PHY anteriores, pois haveria dois fluxos de dados de envio e recebimento separados que precisariam ser coordenados. Com efeito, seria um tipo de interface paralela, enquanto o USB tradicionalmente é nominalmente serial.
A maneira como você fez sua pergunta expôs alguns possíveis mal-entendidos que gostaria de abordar aqui:
Eu sei que é possível executar o Thunderbolt 3 em qualquer cabo USB-C de alta qualidade
Isso não é bem verdade. Existem muitos cabos compatíveis com USB Tipo C de alta qualidade que não são adequados para o Thunderbolt 3. O Thunderbolt 3 é limitado a comprimentos de cabo de ≤ 0,5 m se você tiver um cabo passivo. Para ir mais além do que isso (como 2m), você precisa de um cabo ativo mais caro (um cabo com chips IC especiais para auxiliar no manuseio do sinal).
Por que o USB-C padrão não usa os dois pares
USB-C não é um protocolo. USB Tipo C é o nome de uma especificação de conector e cabeamento; não é o nome dos protocolos usados nesses conectores e cabos. Ao fazer protocolos USB através de cabos Tipo C, você usa USB 3.1 Gen 2 (10Gbps "SuperSpeed +") ou versões anteriores do USB.