Geralmente, com a alteração do tamanho do cluster pelo FAT 12/16/32, há outras dificuldades, como o tamanho reduzido da partição MAX. O cluster FAT16 2gb MAX @ 16k, quem achou que era uma boa ideia, estava errado ..... muito errado.
NÃO FORMATO seu disco rígido com dados nele. Você deve apenas FORMATAR, uma nova partição / unidade !! Eu não posso enfatizar isso o suficiente.
Você provavelmente poderia usar o ISO inicializável gparted ou partedmagic para fazer este trabalho.
A coisa mais eficaz que você pode fazer é redimensionar os clusters ou adicionar outra partição (reduzir a partição existente e adicionar espaço livre) e formatar a nova partição com clusters menores. (Não aceite os padrões ao formatar)
Além disso, você pode colocar todos / quase todos os arquivos pequenos em um arquivo zip, mas isso pode atrapalhar a funcionalidade dos seus programas. Além disso, você precisa extrair e colocá-los novamente no arquivo ZIP, que dor.
Você poderia criar e montar um arquivo VHD a partir do gerenciamento de disco e ele receberia sua própria letra de unidade. Ainda seria um pouco mais lento, mas ainda permitiria formatar uma unidade virtual com um cluster menor sem o incômodo de reparticionar nem o problema de extrair / compactar ZIP ou outra compactação de arquivo.
A compactação de arquivo / pasta não ajuda, pois cada arquivo ainda usa no mínimo 1 cluster.
Você pode ter clusters de .5k, 1k, 2k ou 4k. Qualquer tamanho maior teria ainda mais desperdício.
Primeiro, você precisa identificar quais arquivos estão desperdiçando mais espaço e agrupá-los por programa.
Então, dependendo da quantidade de espaço livre disponível, mova alguns deles para a nova unidade / partição. Você decide quando a proporção é boa o suficiente para você parar.