Você entendeu mal alguma coisa.
excluir completamente todos os arquivos que foram excluídos
Bem ... se um arquivo for deletado, ele será deletado.
Se você quiser que a exclusão de arquivos invalide todas as alças, isso não será possível. Muitos programas e milhões de linhas de códigos dependem dessa semântica. Quanto à possibilidade de evitar a exclusão de arquivos abertos, como o Windows faz, é o mesmo: muitas coisas no mundo do Linux dependem disso.
Forçar manualmente o fechamento de identificadores de arquivo em um processo externo, por exemplo. com GDB ou soluções de script, irá travar o processo ou fazer coisas piores. Invalidar o handle no lado do kernel tem os mesmos problemas (e requer modificações no kernel).
Em suma, não há maneira sensata de fazer isso.
E eu não chamaria isso de risco de segurança. Se o malware usar isso para ocultar algo, o malware já estará no seu computador e poderá criar e excluir arquivos. Então você tem muito mais problemas do que isso.