A resolução de nomes não está funcionando até que o dnsmasq seja reiniciado manualmente. Capturas de pacotes dizem que ele é recusado no cenário não útil. qual poderia ser a causa desse problema? Como posso depurar mais? Existe alguma pista com os pcaps abaixo? 
Parece que seu controlador de domínio está lento. O Dnsmasq está provavelmente sinalizando com a URG.
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Shankensteinium
O que você quer dizer com URG? Por que ele começa a funcionar quando eu reinicio?
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A R
Compare os pacotes que vão para o servidor DNS antes e depois do Dnsmasq ser executado e observe os sinalizadores nos pacotes tge. A URG "processa esses dados primeiro". Se o seu controlador de domínio estiver lento por algum motivo, você notará, mas os pacotes sinalizados pela URG levarão menos tempo.
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Shankensteinium