Sim, economiza energia. Se um dispositivo na sua placa-mãe estiver ativado, ele consumirá energia, mesmo que não esteja sendo usado. Dependendo do dispositivo e das configurações de gerenciamento de energia, o sistema operacional poderá desativá-los ou, pelo menos, entrar em um estado de baixa energia.
Como afirmado anteriormente, sim, você está usando mais energia e memória. No entanto, a quantidade é extremamente insignificante em comparação com o uso da CPU, placas gráficas e até mesmo os fãs.
Geralmente, se você não estiver usando um dispositivo integrado, desative-o no BIOS. Isso impedirá que ele obtenha energia. Além disso, o sistema operacional não precisa carregar drivers para esses dispositivos, que usam uma pequena quantidade de memória. Mas o mais importante, na minha opinião, você não confunde acidentalmente um dispositivo por outro, pois não será visível para o sistema operacional.
Sim, você pode deixá-los ligados sem prejuízo, mas pessoalmente digo que, se não estiver sendo usado, não o deixe ativado. Você sempre pode ativá-lo mais tarde.