Todas essas ferramentas instalam software no seu sistema, mas estão trabalhando em níveis diferentes.
./configure && make install
A execução ./configure && make installcria e instala as bibliotecas ou executáveis diretamente do código-fonte.
A make installetapa basicamente copia os arquivos finais no seu sistema. Muitas fontes vêm com uma make uninstallregra especial para removê-las novamente, mas isso não é garantido e, obviamente, só funciona desde que você tenha as fontes configuradas. Além disso, isso não cuida das dependências necessárias.
Freqüentemente, existe apenas o código fonte disponível para um determinado pacote, portanto esse é o único caminho a percorrer. Além disso, ./configuregeralmente aceita muitas opções, permitindo que você personalize seu pacote.
Não conseguir descobrir qual software instalou qual arquivo e a falta de uma maneira confiável de removê-los do sistema são as principais falhas dessa abordagem.
RPM (Redhat Package Manager)
rpminstala o software já configurado e compilado em seu sistema e também vem com uma desinstalação para se livrar dele novamente. Os pacotes precisam ser criados por alguém. Essa pessoa já decidiu quais recursos incluir e como melhor integrar o pacote ao layout do sistema. Ele também vem com uma lista de dependências.
Como o rpms é usado para muitas distribuições lá, geralmente você deve certificar-se de que este rpm foi gravado para sua distribuição, para instalar caminhos, dependências e outras tarefas domésticas.
Nos sistemas Debian, o formato de pacote equivalente é .debe a instalação e o banco de dados são tratados pela dpkgferramenta.
Yum
yumé um invólucro adicional rpm. Ele mantém seu próprio banco de dados de arquivos rpm disponíveis para sua distribuição, geralmente em repositórios online. Para as versões estáveis da maioria das distribuições, todos os pacotes desse banco de dados funcionam bem entre si. Este banco de dados pode ser pesquisado (por exemplo, com yum search some_name).
Também resolverá automaticamente dependências para você. Os pacotes (e com alguma ajuda extra, suas dependências) também podem ser facilmente desinstalados.
Nos sistemas Debian, o repositório equivalente e as ferramentas de resolução de dependências são fornecidas pelo Apt ( apt-gete aptitude).
yumvsup2date. Eu nunca fui claro sobre a diferença.