Para alguns arquivos, mesmo que a formatação seja preservada no IDE (eu uso o Sublime Text Editor btw), quando faço uma alteração e abro o Github Desktop para verificar se há alterações, a formatação está perdida.
Ainda estou para descobrir por que isso acontece com um arquivo específico e não com todos os arquivos. Alguma entrada?
Você pode definir como esses arquivos são deformados, por exemplo, são de fim de linhas de excluídos ou substituídos, é espaço em branco apagado, etc.
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harrymc