Respostas:
Dê uma chance ao RsyncWin32 .
make
isso no linux?
Você não precisa de toda a instalação padrão do cygwin.
Você pode instalar o cwrsync (consulte http://www.itefix.no/i2/node/10650 ). O Cwrsync usa apenas o conjunto mínimo de arquivos cygwin necessários para dar suporte ao rsync.
Não conheço um rsync nativo para Windows que não use pelo menos alguns arquivos cygwin.
O DeltaCopy faz uma coisa semelhante ao cwrsync, mas é particularmente focado no Windows e vem com uma GUI. Basicamente, empacota a porta cygwin do rsync junto com uma instalação ultra-mínima do cygwin. Em seguida, envolve uma GUI do Windows semi-decente em torno dele.
Note que eu tive alguns problemas bastante desagradáveis com o rsync sobre ssh sob o windows, então YMMV. Infelizmente, não há nada melhor para backups incrementais. Uma versão nativa seria legal - houve muitas tentativas, mas todas foram abandonadas, incluindo o RSyncWin32 acima.