Primeiro, o hardware da placa-mãe faz uma verificação básica para garantir que o número mínimo de componentes esteja presente, como RAM, saída de vídeo, disco rígido, teclado, mouse etc.
É por isso que o teclado pisca quando você inicializa o computador. Em seguida, o programa incorporado na placa-mãe encontra o setor de inicialização do seu disco rígido e procura um sistema operacional lá.
Se o encontrar, ele passa o controle para o sistema operacional, que começa a se carregar na memória e faz coisas como carregar drivers de dispositivo e coisas do tipo.
Se você estiver interessado nas etapas que o sistema operacional está executando, pressione F8 (assumindo o Windows aqui) enquanto o computador está inicializando, e isso fornecerá algumas opções para a inicialização. Acredito que uma das opções permitirá que você veja o que o sistema operacional está fazendo passo a passo em sua carga.
O Windows vem com um utilitário chamado msconfig, que permite ver todas as coisas que o sistema operacional carrega.