Principalmente, isso não importa.
Uma exceção é ao instalar sistemas operacionais herdados em unidades modernas.
Os antigos instaladores de sistemas operacionais tendiam a alinhar partições nos limites do "cilindro". Em particular, iniciar a primeira partição no início do "cilindro" 1 (o setor 0 foi reservado para o código de inicialização e a tabela de partições).
As unidades modernas normalmente são vistas pelo sistema operacional como tendo 255 "setores" por "pista" e "63" cabeças. Portanto, cada "cilindro" teria 16065 setores.
Isso foi bom até as unidades de "formato avançado" aparecerem. Essas unidades têm um tamanho de setor físico de 4KiB, mas um tamanho de setor lógico de 512 bytes. Eles funcionam muito melhor se as leituras e gravações (especialmente gravações) tiverem um tamanho múltiplo de 4KiB e estiverem alinhadas em um limite de 4KiB (8 setores lógicos). As gravações não alinhadas serão convertidas em uma operação de leitura-modificação-gravação que corre o risco de perda de dados.
O resultado disso é que, se você estiver usando uma unidade de "formato avançado", realmente deseja que suas partições iniciem em um limite de 4KiB (8 setores lógicos).
Você notará que 16065 não é divisível por 8. Portanto, é muito provável que o uso de uma ferramenta antiga do SO para particionar uma unidade moderna resulte em desalinhamento.