Não, não haverá diferença de velocidade, mas você terá desgaste desnecessário e uma chance desnecessária de falha.
Os discos rígidos tradicionais codificam dados com um simples gerador de pseudoaleatórios, os mais modernos e (virtualmente) todos os SSDs codificam dados com o AES, sempre. A razão para isso é que o armazenamento de dados aleatórios (ou dados de aparência aleatória) é muito mais favorável ao nível de desgaste, tanto em unidades de estado magnético quanto em estado sólido, mas em particular no caso deste último (portanto, o AES é o primeiro e mais usado para embaralhar bits, mas como um bônus grátis, você pode ter segurança sem custo adicional).
Assim, escrever muitos zeros efetivamente escreve muitos "bits aleatórios".
É isso e não é mais rápido ler (ou substituir) um ou outro.
Por outro lado, substituir a unidade completa significa escrever alguns bilhões de setores. Enquanto os discos rígidos têm taxas de falha (puramente ficcionais) tão baixas que parecem "nunca acontece", dado o enorme tamanho dos discos modernos "nunca acontece", é muito mais parecido com "é provável que aconteça". É por esse motivo que, por exemplo, o RAID-5 não é mais recomendado, porque a probabilidade de encontrar uma falha irrecuperável ao tentar sincronizar novamente após um disco com falha é tão alta que pode se tornar uma preocupação prática.
O que isso significa? Bem, isso não significa nada em geral, mas substituir o disco completo sem necessidade provavelmente não é uma boa ideia. Mesmo para uma exclusão segura, se isso for pretendido, hoje existem métodos muito melhores (mais rápidos e mais confiáveis).