Primeiro, os próprios programas provavelmente terão opções que permitirão que eles não iniciem no logon ou no carregamento do sistema. O uso dessa função geralmente é melhor, pois muitos programas também verificam suas configurações e, se elas dizem que devem iniciar quando o Windows iniciar, elas se redefinirão para fazer isso, independentemente de você usar autorns, msconfig ou qualquer outra ferramenta.
Para os programas que não têm uma opção fácil de parar, eu recomendaria o CCleaner. Ele permite que você desabilite a maioria dos programas de inicialização com muita facilidade, enquanto oculta algumas das funções profundas e críticas do sistema que outros programas, como as autoruns, revelam.