Existem dois tipos principais de distribuições Linux disponíveis. As distribuições baseadas no Debian e Red Hat representam uma grande porcentagem das distribuições existentes.
A principal diferença entre eles é o gerenciamento de pacotes. Se eles são baseados no Debian, provavelmente usam o sistema dpkg & apt / deb; se for um sistema Red Hat, provavelmente usa yum / rpm. Muitas distros aparecem porque alguém não está satisfeito com o gerenciamento de pacotes; portanto, a maioria terá algum tipo de interface gráfica diferente, mas o sistema subjacente é o mesmo.
Se você aprender a usar o apt-get e o yum, cobrirá 80% das distribuições existentes e 99% dos sistemas que provavelmente encontrará.
Cada distribuição fará algo um pouco diferente com o gerenciador de janelas. A maioria das principais distribuições escolhe entre o KDE e o Gnome, com o Gnome parecendo ser o mais popular no momento. O melhor do Linux, porém, é que você pode alterar o gerenciador de janelas, se quiser (vá para o Window Maker!).
Se você aprender a linha de comando, não haverá "muita" diferença, mas as alterações da GUI entre as distribuições definitivamente influenciarão sua escolha. Além disso, algumas distros são fornecidas com drivers que facilitam o uso de determinados hardwares, como placas de vídeo.
Eu recomendo o Linux Mint para sistemas domésticos e o Debian, Ubuntu (edição do servidor) ou CentOS para servidores.