TL; DR
Use dconf-editor(ou qualquer outro editor de xsettings que você tenha) para definir o atributo activeem " falseunder" org.mate.SettingsDaemon.plugins.xrdb.
Seu DM deve carregar o .Xresourcesarquivo como parte de seu wrapper de sessão. Caso contrário, adicione-o ao seu .xprofileou .xsessionrcno Debian.
Explicação abaixo:
Então, encaixei e substituí meu xrdbbinário por um script bash que registrava o processo de chamada, carimbo de data e hora e argumentos em um arquivo.
Mostrou que eu xrdb -merge ~/.Xresourcesestava sendo executado seguido por mate-settings-daemon. Eu verifiquei isso com o xrdb -queryqual lo e behold realmente mostravam minhas configurações, exceto que o plano de fundo e o primeiro plano foram substituídos.
Então, pesquisei no Google e encontrei a fonte para mate-settings-daemon: https://github.com/mate-desktop/mate-settings-daemon/blob/master/plugins/xrdb/msd-xrdb-manager.c#L, que também carrega meu arquivo de configurações, mas substitui as coisas pelas cores do tema!
(╯ ° □ °) ╯︵ ┻━┻
Portanto, dconf-editorencontra org.mate.SettingsDaemon.plugins.xrdbcom o atributo que activedefine isso para falsecorrigir o problema.