Você pode alterar o local dos diretórios dos arquivos de programa no registro nas seguintes chaves.
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\ProgramFilesDir
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\CommonFilesDir
Em seguida, reinicie o seu sistema.
No entanto, sendo um testador de software como uma profissão, eu recomendaria NÃO O FAÇA .
Alterar a localização deve funcionar se você puder assumir que nenhum software possui caminhos codificados no aplicativo.
Muitos, diabos, a maioria dos aplicativos usa caminhos codificados, o que leva a um sistema muito, muito instável.
Também acho que particionar um disco simplesmente não vale a pena. Você normalmente fica sem espaço na sua unidade C ou tem pedaços de espaço livre espalhados pelas unidades que não pode usar e, se o disco falhar, você perde tudo.
Edit: Aqui está um link para um artigo da Microsoft KB sobre o assunto http://support.microsoft.com/kb/933700