apt por definição instala tudo em todo o sistema.
Você pode fazer o download dos .debpacotes e instalá-los dpkg --root=...em alguma outra árvore, mas essa árvore não será reconhecida pelo sistema e você precisará mexer manualmente nas configurações da biblioteca etc.
Você também pode criar sua própria árvore de sistema usando chroot, mas novamente isso é um problema e você precisará copiar boa parte do sistema instalado.
Tudo isso está bastante envolvido. Portanto, a maneira mais simples é "não tente disponibilizá-lo para apenas um usuário". Em vez disso, clone seu servidor completo, execute-o em uma VM etc. e faça com que seu desenvolvedor teste as coisas dessa maneira. Isso tem a vantagem adicional de que ele estará testando com uma configuração idêntica à de produção, portanto não haverá surpresas.