Depende potencialmente do código de operação especificado no cabeçalho (existem vários - consulta, notificação, atualização etc.) Para consultas regulares, o RFC 1034 diz:
Uma consulta padrão especifica um nome de domínio de destino (QNAME), tipo de consulta (QTYPE) e classe de consulta (QCLASS) e solicita RRs correspondentes.
Eu interpretaria o uso do "destino" singular etc. como uma consulta sempre com exatamente um registro na seção de perguntas; qualquer outra coisa deve retornar FORMERR.
Existem variações (por exemplo, o IQUERY obsoleto usa consultas com pelo menos um registro na seção de respostas, mas na seção de perguntas vazias), mas não consegui encontrar nenhum código de operação que permita que todas as seções fiquem vazias.