Respostas:
A maioria dos clientes comuns de linha de comando deve compilar no cygwin no Windows. Eu tenho o rtorrent executando dessa maneira em algumas máquinas Windows.
Edit: outro pensamento: Eu assumo que os clientes baseados em Python também devem ser executados no Windows se você instalar o Python. Apesar de tudo, não consigo pensar em um cliente que seja mantido ativamente (o cliente "oficial" original era baseado em Python, mas o uRurrent IIRC substituiu isso).
Eu sei que a Transmission tem um cliente de linha de comando para seus lançamentos Unix que é chamado transmission-cli
.
E eu sei que eles têm um cliente Windows, mas é novo.
Pode ter uma interface de linha de comando. Vale a pena conferir