NTFS tem essa coisa chamada tabela mestre de arquivos . Parece muito legal quando você lê sobre isso.
Você pode ver que o ext3 executa bem até cerca de 95% do uso de disco, enquanto a existência da MFT significa que o NTFS realmente não deseja que você use mais de 90% do seu disco. Mas presumo que esse não seja o seu problema, e que ele seja com as muitas operações em muitos arquivos pequenos.
Uma das diferenças aqui é o que acontece quando você cria um arquivo pequeno. Se um arquivo é menor que o tamanho de um bloco, ele não é gravado em seu próprio bloco, mas é armazenado na MFT. Isso é bom se o arquivo permanecer exatamente do jeito que estava quando criado. Porém, na prática, isso significa que quando o svn toca em um arquivo para criá-lo, adiciona-o, remove-o ou apenas o modifica, não o suficiente para movê-lo para seu próprio bloco, a operação é bem lenta. Também apenas a leitura de muitos arquivos pequenos enfatiza a MFT onde eles residem, com múltiplos por bloco. Por que faria isso? É evitar preventivamente a fragmentação e usar mais blocos de maneira mais eficaz, e em geral isso é uma coisa boa.
Em ext2 e 3, por outro lado, os blocos de arquivos para cada arquivo são armazenados próximos ao local onde os metadados do diretório estão (quando possível, se o seu disco não estiver fragmentado e você tiver cerca de 20% de espaço livre). Isso significa que, como o svn está abrindo diretórios, vários blocos são armazenados em cache basicamente de graça naquele cache de 16 MB na sua unidade e depois novamente no cache do kernel. Esses arquivos podem incluir o arquivo .svn e os arquivos de revisão da sua última atualização. Isso é útil, pois esses são provavelmente alguns dos arquivos que o svn examinará a seguir. O NTFS não consegue fazer isso, embora grandes partes da MFT devam ser armazenadas em cache no sistema, elas podem não ser as partes que você deseja a seguir.