Existem algumas possibilidades.
Uma é a configuração do modo de armazenamento no BIOS; as placas-mãe mais antigas costumavam oferecer várias opções de como as portas físicas seriam apresentadas como controladores lógicos, algumas das quais desabilitariam algumas das portas.
Outra é que, na teoria, a SATA deveria ser compatível com versões anteriores na prática, alguns controladores tinham bugs que os impediam de trabalhar com unidades mais rápidas. Algumas unidades possuem um jumper para forçar a velocidade, o que pode ajudar (mas as que eu já vi em unidades de 6 Gbps permitem forçar 3Gbps e não 1.5Gbps).
Outra é que as portas SATA na placa estão simplesmente quebradas. O hardware antigo falha algumas vezes.
Por fim, você pode achar que precisa usar uma placa controladora de complemento se não conseguir que a placa funcione.