Vista e Windows 7 usa um driver de vídeo muito diferente. É realmente muito diferente do Windows XP. Melhorou o desempenho, mas o lado negativo é que ele não permite que aplicativos baseados em console em tela cheia sejam lançados.
A Microsoft lançou uma correção para fazer o downgrade do driver de vídeo para o Windows XP, mas é bastante perigoso se as coisas derem errado. Então, podemos seguir um caminho alternativo. Existem softwares que "emulam" o prompt de comando pelo software, removendo completamente a necessidade do prompt de comando do Windows. A experiência do usuário não é tão boa quanto a real, mas ainda é uma solução decente para o seu problema.
Aqui está um:
http://blog.amolbhave.in/computers/full-screen-command-prompt-in-vista-and-windows-7/