Minha intuição é que o OS X e seus aplicativos não foram projetados para operar em várias instâncias. Quando dois processos estão fazendo alterações na mesma preferência .plist arquivos simultaneamente, você pode ter um comportamento não intencional. Alguns aplicativos foram projetados para funcionar em uma configuração de "biblioteca de projetos", como o GarageBand e o novo iMovie (esses aplicativos podem funcionar apenas em um projeto por vez), mas se o Xcode permitir que você abra vários projetos ao mesmo tempo, isso é definitivamente o caminho para seguir. Quase todos os aplicativos baseados em documentos funcionam dessa maneira, por exemplo: Office, TextEdit, Safari.
Se você é novo no Mac, logo ficará aparente que uma janela não é a mesma coisa que um aplicativo em execução. Um único aplicativo pode ter muitas janelas ao mesmo tempo e fechar todas essas janelas individualmente não necessariamente fecha o aplicativo (embora esse seja o caso ocasionalmente, consulte Preferências do Sistema.) Em vez de alternar entre janelas com a tecla alt, você alterna entre aplicativos com Command-Tab e alterne entre as janelas abertas desse aplicativo com Command-`(backtick, na tecla ~). Ao fechar aplicativos, adquira o hábito de escolher sair do menu do aplicativo (ou pressionar Command-Q) em vez de sair de todas as janelas abertas. Na maioria dos casos, isso deixaria o aplicativo ainda em execução com 0 janelas abertas. Os aplicativos em execução são indicados com uma luz brilhante sob seus ícones de dock,
Protip: para sair de vários aplicativos rapidamente, mantenha pressionada a tecla Comando ou use a tecla Shift ou Tab para selecionar cada aplicativo que você deseja fechar e pressione q para enviar um comando para sair de cada um. Em seguida, solte a guia para alternar para o aplicativo que você deseja usar quando estiver selecionado.